Для обеспечения безопасности мореплавания, безаварийной работы судов, охране окружающей среды, предупреждению аварийности и охраны человеческой жизни на море Общество в своей деятельности руководствуется требованиями Международных конвенций (СОЛАС-74, МАРПОЛ 73/78, ПДМНВ-78 и др.), Международных кодексов (МКУБ, ОСПС, ЛСА и др.), резолюциями Международной морской организации (ИМО), федеральными законами Российской Федерации (Кодексом торгового мореплавания РФ, О морских портах, Общими правилами плавания и стоянки судов в морских портах РФ и на подходах к ним, О внутренних морских водах, территориальном море и прилежащей зоне РФ и др.), нормативными документами Минтранса России и Федерального агентства морского и речного транспорта. В ОАО «Флот НМТП» разработана, внедрена и успешно действует система управления безопасностью (СУБ), функциональные требования которой способствуют повышению безопасности мореплавания, обеспечивают безопасную практику эксплуатации судов, посредством документированных процедур и рабочих инструкций, постоянно совершенствуют навыки берегового и судового персонала по управлению безопасностью, включая готовность к аварийным ситуациям, относящимися как к безопасности, так и к защите окружающей среды.

     Согласно Трудового Кодекса РФ проведена аттестация рабочих мест по условиям труда, на каждое судно и здание управления имеются сертификаты безопасности. Разработана и внедрена «Система управления Охраной труда». Осуществляется ежедневный контроль за соблюдением правил техники безопасности на судах и береговых объектах.